Trong thời gian hai năm sau khi tốt nghiệp đại học, Charity đã dạy hóa học đại học với tư cách là trợ giảng, tại Đại học Purdue, tại West Lafayette, Indiana, cho đến tháng 8 năm 2009.[1]

Sau khi hoàn thành nghiên cứu tiến sĩ, bà được IBM thuê làm nhà khoa học nghiên cứu cho khu vực Châu Phi, có trụ sở tại Nairobi, thủ đô của Kenya.[1][2][5]

Nhóm các nhà nghiên cứu mà bà lãnh đạo được giao nhiệm vụ phát triển "các công nghệ khả thi về mặt thương mại" nhằm cải thiện cách thức chính phủ làm việc và phục vụ công dân của họ. Công việc mà nhóm của bà thực hiện với sự cộng tác của chính phủ Kenya, từ năm 2013 đến 2014, được ghi nhận là cải thiện thứ hạng của Kenya trên bảng xếp hạng Dễ kinh doanh hàng năm của Ngân hàng Thế giới, tiến lên 21 điểm.[2][6]

Vào tháng 6 năm 2018, Charity Wayua đã được thăng cấp thành Hiệp hội chiến lược doanh nghiệp tại IBM và tiếp tục làm việc ở cả Nairobi, Kenya và tại trụ sở công ty ở Armonk, bang New York.[1]